La PNI clínica contempla les interaccions entre els diferents sistemes corporals: psicològic, sistema nerviós, sistema immunitari i sistema endocrí, tenint en compte tot el context del pacient. Es fuig de les “etiquetes” que poden cronificar els símptomes del pacient i mitjançant un interrogatori clínic exhaustiu, es busquen els mecanismes fisiopatològics que l’han portat fins a la simptomatologia actual.
Les principals eines que s’utilitzaran són: l’ensenyament profund, recomanacions nutricionals, suplementació, prescripció d’exercici físic, regulació de bioritmes, gestió del sistema nerviós, etc. El més important és, però, aconseguir que el pacient sigui el gestor de la seva pròpia salut, coneixent les causes que l’han portat a l’espiral de símptomes que l’impedeixen portar una vida “normal” i que es generin els canvis del seu estil de vida d’una manera conscient, i de manera gradual mitjançant el diàleg amb el terapeuta, establint així noves pautes de conducta de manera consensuada.