La PNIE clínica contempla las interacciones entre los distintos sistemas corporales: psicológico, sistema nervioso, sistema inmunitario y sistema endocrino, teniendo en cuenta todo el contexto del paciente. Se huye de las “etiquetas” que puedan cronificar los síntomas del paciente y mediante un interrogatorio clínico exhaustivo, se buscan los mecanismos fisiopatológicos que lo han llevado hasta la sintomatología actual.
Las principales herramientas que se utilizan son: educación profunda, recomendaciones nutricionales, suplementación, prescripción de ejercicio físico, regulación de biorritmos, gestión del sistema nervioso, etc. Pero lo más importante es conseguir que el paciente sea el gestor de la su propia salud, conociendo las causas que lo han llevado a espiral de síntomas que le impiden llevar una vida “normal” y que se generen los cambios en su estilo de vida de manera consciente y de forma gradual, gracias al diálogo con el terapeuta, estableciendo así nuevas pautas de conducta de manera consensuada.